具有集成控制器的 Nanotec 控制器，可通过四种不同方法进行控制。通过 DIP 开关、配置文件或软件，用户可以选择一种方法。支持的控制类型相关信息可参见产品数据表。
在脉冲方向模式下，电机可通过高级定位控制器的数字输入，借助脉冲和方向信号进行操作。每次收到脉冲信号时，电机都会向方向信号的方向移动一步。Nanotec 控制器采用基于软件的控制方式，可实现脉冲信号和位置之间灵活的相互作用。由于输入脉冲始终在背景位置进行插补，因此获得电机所需的正弦变换，无需采用微步进。这意味着，仅输出整步或半步的更早、更高级的控制器，页将从微步进静音运行的特点中获益。每转的步数也可定义为一个合理的数字（分子/分母）。通过对实际步角或电机电极数进行去耦，也能够轻松地在现有应用中更换电机类型，例如将三相步进装置更换为直流无刷电机，且无需更改循环次数。除了常规的以输入决定方向的脉冲方向模式外，还可以采用向右/向左旋转模式 (CW/CCW) 。
Nanotec 控制器的数字和模拟输入，可以在毫秒内读出，并通过内部时序程序进行处理。这意味着，例如速度、位置，甚至转矩都可以通过模拟输入进行控制。数字输入还可用于启动运动，或用于选择不同的速度。通过一个使用 NanoJ V2 编程语言的程序，将输入分配到函数。此程序在Plug & Drive Studio中创建。
Nanotec 控制器和带集成控制器的电机，可以通过具有一系列主控制器 (PLC) 的现场总线进行操作。在此情况下，控制器将作为从设备，用于转换更高等级控制器的指令。Nanotec 提供以下现场总线选项：
Plug & Drive Studio提供的编程环境，可以采用基于 C++ 的编程语言 NanoJ V2 创建程序。这些程序将在控制器或带集成控制器的电机上自主和直接运行，并可以通过现场总线或 USB 保存在控制器上。除了通过用于单机运行的数字/模拟输入的控制所需简单应用外，还可以进行通过现场总线进行控制的复杂应用。此类分布式智能意味着，当连接较大数量的用户时，用于现场总线应用的总线负荷利用率可保持较低水平。此外，时间敏感功能可以直接通过现场总线无延迟地实施。
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